Pascasarjana Universitas Negeri Jakarta berupaya selalu meningkatkan mutu dan kinerjanya melalui Gugus Penjaminan Mutu (GPjM) secara internal dan external. GPjM terdiri dari Satuan Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dan Satuan Penjaminan Mutu Ekternal (SPME), dan Gugus Artikel dan Diseminasi (GAD). Sistem penjaminan mutu secara internal dilakukan dengan mengacu pada standar mutu yg dikembang oleh Sistem Penjaminan Mutu (SPM) UNJ.
INTEGRITAS AKADEMIK
Mahasiswa wajib memahami integritas akademik, dimana plagiarisme dan kecurangan tidak dapat ditorerir.
DOKUMEN MUTU
Dokumen mutu UNJ berisi pedoman proses, prosedur, dan tanggung jawab untuk mencapai sasaran mutu.
SURVEI KEPUASAN
Survei kepuasan mahasiswa, dosen, tendik, alumni, mitra dan pengguna lulusan, digunakan untuk meningkatkan mutu akademik Universitas Negeri Jakarta. 
Standard Operational Procedure (SOP)
Standard Operational Procedure (SOP) merupakan pedoman pelaksanaan tugas pada unit kerja. SOP digunakan untuk menciptakan komitment kerja.
DOKUMEN PENDUKUNG
Dokumen pendukung  berisi dukumen-dokumen kebijakan dan petunjuk untuk digunakan pada akreditasi BAN-PT.
AUDIT MUTU INTERNAL
Audit Mutu Internal (AMI)  memastikan seluruh proses terlaksana sesuai dengan prosedur, dan seluruh output sesuai standar yang ditetapkan.