Perkuliahan Pascasarjana UNJ dilakukan secara terstruktur dengan mekanisme sebagai berikut:

1. Setiap awal semester perkuliahan, mahasiswa wajib mendaftar dengan mengisi kartu rencana studi (KRS) melalui SIAKAD.
2. Perkuliahan menggunakan sistem kredit semester (SKS). Satu SKS setara dengan 170 menit kegiatan belajar per minggu per semester.
3. Proses perkuliahan dilakukan dalam bentuk kuliah, responsi, atau tutorial yang terdiri atas (1) kegiatan tatap muka/dalam jaringan 50 menit per minggu per semester; (2) kegiatan penugasan terstruktur 60 menit per minggu per semester; dan (3) kegiatan belajar mandiri 60 menit per minggu per semester.
4. Perkuliahan dilakukan berupa seminar terdiri atas (1) kegiatan tatap muka/dalam jaringan 100 menit per minggu per semester; dan (2) kegiatan mandiri 70 menit per minggu per semester.
5. Perkuliahan dilakukan berupa praktikum, praktik bengkel, praktik lapangan, penelitian, atau proses perkuliahan lain yang sejenis setara dengan 170 menit per minggu per semester.
6. Satu semester dilaksanakan selama 16 minggu, termasuk ujian tengah semester (UTS) dan ujian akhir semester (UAS).
7. Dosen berkewajiban melaksanakan perkuliahan minimal 80% dari ketentuan masa perkuliahan dan mengganti sisa perkuliahan (20%) dengan tugas-tugas yang setara.
8. Kehadiran mahasiswa dalam bentuk tatap muka minimal 80% dari banyaknya pertemuan perkuliahan dan melaksanakan tugas-tugas yang diberikan dosen untuk pemenuhan masa perkuliahan. Apabila kehadiran kurang dari 80%, mahasiswa tidak diperkenankan mengikuti UAS.
9. Penetapan nilai hasil belajar didasarkan pada perolehan nilai UTS, UAS, tugas mandiri dari dosen, nilai praktik (apabila terintegrasi dengan kuliah), dan kehadiran mahasiswa. Bobot masing-masing komponen ditetapkan dosen sesuai dengan kontrak perkuliahan.
10. Satu tahun akademik terdiri atas semester ganjil dan semester genap:
    a) semester ganjil berlangsung dari Agustus sampai dengan Desember;
    b) semester genap berlangsung dari Februari sampai dengan Juni.
11. Pelaksanaan Perkuliahan
    Perkuliahan dalam bentuk tatap muka dan/atau dalam jaringan dilaksanakan selama 3 (tiga) semester.
12. Matrikulasi bagi mahasiswa program doktor kependidikan dengan latar belakang nonkependidikan dilaksanakan sebelum pelaksanaan perkuliahan semester satu dimulai.
    Matrikulasi bagi mahasiswa program doktor yang tidak linier dengan disiplin ilmu sebelumnya dilaksanakan sejalan dengan pelaksanaan perkuliahan semester satu, dua, dan/atau tiga.

Penulisan disertasi dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:

1. Pengajuan Proposal Mini
   Pada semester kedua, mahasiswa mengajukan proposal mini untuk menentukan topik disertasi kepada Koordinator Program Studi disertai dengan pengajuan 3 (tiga) nama calon promotor.
2. Verifikasi Topik
   Koordinator Program Studi melakukan verifikasi topik dari proposal mini yang diajukan mahasiswa untuk memastikan tidak terjadi duplikasi dan adanya kebaruan dalam disertasi. Apabila topik disertasi secara subtansial terjadi perubahan, topik tersebut harus diverifikasi kembali dan disetujui oleh Koordinator Program Studi.
3. Penetapan Komisi Promotor
   Direktur Pascasarjana menetapkan nama promotor dan kopromotor berdasarkan usulan Koordinator Program Studi dengan memperhatikan kesesuaian keahlian dengan topik penelitian disertasi dan pemerataan distribusi tugas.
4. Ujian Komprehensif
   Ujian komprehensif bertujuan untuk menilai kemampuan mahasiswa dalam penguasaan materi perkuliahan sesuai kurikulum program studi pada mata kuliah keahlian yang dilakukan melalui ujian tertulis. Ujian komprehensif dilaksanakan paling lambat pada semester tiga dan telah lulus mata kuliah umum serta mata kuliah keahlian. Ujian komprehensif adalah nonkredit dengan predikat lulus atau tidak lulus. Pelaksanaan ujian komprehensif di bawah tanggung jawab Wakil Direktur I. Ketua pelaksana ujian dijabat oleh Koordinator Program Studi dan Dosen Program Studi Pascasarjana UNJ. Surat keterangan kelulusan ujian komprehensif ditandatangani oleh Koordinator Program Studi dan Direktur Pascasarjana UNJ. Mahasiswa yang tidak lulus ujian komprehensif diberikan kesempatan mengulang maksimal 2 (dua) kali dalam semester yang sama. Jika dua kali dinyatakan tidak lulus ujian komprehensif, mahasiswa diberikan surat keterangan pernah mengikuti perkuliahan di Pascasarjana UNJ serta kehilangan haknya sebagai mahasiswa UNJ.
5. Seminar Proposal
   Seminar proposal dapat dilakukan setelah mahasiswa menempuh semua mata kuliah umum dan mata kuliah keahlian serta lulus ujian komprehensif. Proposal harus mencerminkan hasil telaah literatur minimal 60 artikel jurnal nasional, jurnal internasional, atau artikel prosiding seminar nasional/internasional yang relevan. Pengajuan seminar proposal ditujukan kepada Koordinator Program Studi dengan melampirkan proposal tesis yang telah disetujui oleh kedua pembimbing, yang waktunya ditetapkan oleh Pascasarjana UNJ.
6. Penelaahan Disertasi
   Sebelum ujian kelayakan disertasi, dilakukan penelahaan dokumen disertasi oleh penelaah eksternal UNJ yang memiliki keahlian relevan dengan substansi dan metodologi disertasi. Penelaah eksternal ditetapkan oleh Wakil Direktur I berdasarkan usulan Koordinator Program Studi. Waktu penelaahan paling lama dua minggu terhitung sejak disertasi diterima oleh penelaah. Penelaah disertasi bergelar doktor dengan jabatan akademik sekurang-kurangnya lektor kepala, mempunyai keahlian sesuai dengan bidang keilmuan materi yang ditelaah, atau pakar dalam bidang keilmuan materi yang ditelaah, dan memiliki minimal 1 (satu) artikel ilmiah yang dipublikasikan dalam jurnal internasional bereputasi sebagai penulis pertama dan/atau bentuk karya monumental lain yang diakui oleh kelompok pakar ditetapkan senat perguruan tinggi dalam waktu 5 (lima) tahun terakhir. Penelaah disertasi akan menjadi penguji luar pada ujian tertutup dan terbuka.
7. Ujian Kelayakan Disertasi.
   Mahasiswa melakukan bimbingan kepada masing-masing promotor dan kopromotor paling sedikit 5 (lima) kali sebelum ujian kelayakan disertasi. Mahasiswa dapat mengajukan permohonan ujian kelayakan disertasi kepada Koordinator Program Studi terhitung minimal 6 (enam) bulan sejak perbaikan proposal disetujui dan ditandatangani oleh semua panitia seminar proposal disertasi. Ujian kelayakan dapat dilaksanakan dengan waktu yang ditetapkan oleh Pascasajana UNJ berdasarkan usulan Koordinator Program Studi, setelah mahasiswa memperbaiki disertasi berdasarkan hasil telaah dari penelaah luar UNJ. Hasil ujian kelayakan disertasi dapat dinyatakan layak atau tidak layak berdasarkan pemenuhan standar kelayakan teoretis dan metodologis.
8. Diseminasi Hasil Penelitian
   Sebelum ujian tertutup disertasi, mahasiswa wajib mendiseminasikan artikel yang berkaitan dengan disertasinya dengan mengikuti seminar dan/atau konferensi internasional sebagai pembicara. Artikel diterbitkan pada prosiding seminar dan/atau konferensi internasional terindeks sesuai buku Pedoman Publikasi Ilmiah yang diterbitkan oleh Direktorat Pengelolaan kekayaan Intelektual Direktorat Jendral Penguatan Riset dan Pengembangan Kemenristek Tahun 2017. Selama penyusunan artikel, mahasiswa dibimbing oleh promotor dan kopromotor.
9. Publikasi Hasil Penelitian
   Ujian tertutup disertasi hanya bisa dilakukan setelah artikel mahasiswa dinyatakan diterima (accepted) oleh jurnal internasional bereputasi dengan kategori tinggi sesuai buku Pedoman Publikasi Ilmiah yang diterbitkan oleh Direktorat Pengelolaan Kekayaan Intelektual Direktorat Jendral Penguatan Riset dan Pengembangan Kemenristek Tahun 2017 dan/atau menghasilkan produk yang terdaftar. Selama penyusunan artikel, mahasiswa dibimbing oleh promotor dan kopromotor.
10. Ujian Tertutup Disertasi
    Mahasiswa dapat mengajukan ujian tertutup setelah melakukan bimbingan kepada dewan penguji paling sedikit 2 (dua) kali setelah ujian kelayakan disertasi dan melakukan perbaikan disertasi hasil ujian kelayakan disertasi yang telah disetujui dan ditandatangani oleh semua dewan penguji kelayakan disertasi. Ujian tertutup disertasi dapat dilakukan dengan waktu yang ditetapkan oleh Pascasarjana berdasarkan usulan dan/atau persetujuan dari Koordinator Program Studi. 
11. Promosi Doktor.
    Mahasiswa dapat mengajukan ujian terbuka/promosi doktor setelah melakukan bimbingan kepada dewan penguji paling sedikit 2 (dua) kali setelah ujian tertutup dan melakukan perbaikan disertasi hasil ujian tertutup yang telah disetujui dan ditandatangani oleh semua panitia ujian tertutup. Promosi doktor (ujian terbuka) dapat dilakukan pada waktu yang ditetapkan oleh Direktur Pascasarjana.
12. Surat Keterangan Pendampingan Ijazah (SKPI).
    Pascasarjana menerbitkan Surat Keterangan Pendamping Ijazah (SKPI) atau diploma supplement mengacu pada Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 59 Tahun 2018 tentang Ijazah, Sertifikat Kompetensi, Sertifikat Profesi, Gelar, dan Tata Cara Penulisan Gelar di Perguruan Tinggi. SKPI memuat informasi tentang keaktifan lulusan pada bidang akademik, sikap sosial lulusan, dan kualifikasi lulusan sesuai dengan jenjang Kerangka Nasional Kualifikasi Indonesia (KKNI). SKPI diterbitkan setelah divalidasi dan mahasiswa dinyatakan lulus dari suatu program studi di Pascasarjana Universitas Negeri Jakarta.

1. Mahasiswa aktif adalah mahasiswa yang terdaftar di Pascasarjana UNJ dengan memenuhi persyaratan akademik, yaitu: a) membayar SPP dan DPP/UK pada semester berjalan; b) memiliki kartu mahasiswa yang diterbitkan oleh UNJ; c) mengisi mata kuliah yang diambil setiap semester pada kartu rencana studi di siakad yang disetujui Koordinator Program Studi.
2. Masa Studi Program Doktor: a) Masa studi maksimal Program Doktor 14 (empat belas) semester. b) Mahasiswa Program Doktor yang tidak dapat menyelesaikan studi dalam 14 (empat belas) semester dinyatakan habis masa studi.
3. Cuti: a) Hak cuti diberikan kepada mahasiswa yang telah menempuh satu semester. b) Mahasiswa memiliki kesempatan cuti maksimal 2 (dua) kali. Cuti tidak dihitung sebagai masa studi dan mahasiswa yang cuti tidak mendapat layanan akademik.
4. Mangkir: a) Mahasiswa yang tidak melakukan daftar ulang satu semester, dinyatakan nonaktif oleh sistem dan tidak mendapatkan layanan akademik. b) Mahasiswa yang berstatus nonaktif dapat mengaktifkan kembali statusnya dengan membayar tunggakan (satu semester) SPP dan DPP / UK semester berjalan. c) Mahasiswa yang tidak melakukan daftar ulang 3 (tiga) semester berturut-turut dinyatakan habis masa studi.

Mahasiswa diterima di program studi tertentu berdasarkan daya tampung yang tersedia. Kepindahan ke program studi lain hanya dimungkinkan apabila daya tampung program studi tersebut masih memungkinkan.

1. Kepindahan dapat dilakukan dengan ketentuan sebagai berikut:
   Diajukan oleh mahasiswa yang berstatus aktif pada suatu program studi apabila telah menempuh masa studi paling sedikit 2 (dua) semester dan paling banyak 4 (empat) semester.
2. Memperoleh izin tertulis dari Koordinator Program Studi asal dan Direktur Pascasarjana UNJ.
3. Mahasiswa pindahan dari PTN atau PTS yang memiliki izin DIKTI dan terakreditasi BAN PT dapat diterima di Pascasarjana UNJ dengan pengakuan terhadap mata kuliah yang relevan dengan program studi yang dituju setelah melalui verifikasi Koordinator Program Studi dan

Bahasa pengantar dalam perkuliahan dan penulisan disertasi menggunakan bahasa Indonesia atau bahasa Inggris.

Lulusan Pascasarjana wajib mengikuti wisuda UNJ yang dilakukan pada akhir semester ganjil atau akhir semester genap.