Perkuliahan Program Magister Pascasarjana UNJ dilakukan secara terstruktur dengan mekanisme sebagai berikut.

1. Setiap awal semester perkuliahan, mahasiswa wajib mendaftar dengan mengisi Kartu Rencana Studi (KRS) melalui SIAKAD.
2. Perkuliahan menggunakan Sistem Kredit Semester (SKS). Satu SKS setara dengan 170 menit kegiatan belajar per minggu per semester.
3. Proses perkuliahan dilakukan dalam bentuk kuliah, responsi, atau tutorial yang terdiri atas (1) kegiatan tatap muka 50 menit per minggu per semester, (2) kegiatan penugasan terstruktur 60 menit per minggu per semester, dan (3) kegiatan belajar mandiri 60 menit per minggu per semester.
4. Perkuliahan dilakukan berupa seminar terdiri atas (1) kegiatan tatap muka 100 menit per minggu per semester, dan (2) kegiatan mandiri 70 menit per minggu per semester.
5. Perkuliahan dilakukan berupa praktikum, praktik bengkel, praktik lapangan, penelitian, atau proses perkuliahan lain yang sejenis setara dengan 170 menit per minggu per semester.
6. Satu semester dilaksanakan selama 16 minggu, termasuk ujian tengah semester (UTS) dan ujian akhir semester (UAS).
7. Dosen berkewajiban melaksanakan perkuliahan minimal 80% dari ketentuan masa perkuliahan dan mengganti sisa perkuliahan (20%) dengan tugas-tugas yang setara.
8. Kehadiran mahasiswa dalam bentuk tatap muka minimal 80% dari banyaknya pertemuan perkuliahan dan melaksanakan tugas-tugas yang diberikan dosen untuk pemenuhan masa perkuliahan. Apabila kehadiran kurang dari 80%, mahasiswa tidak diperkenankan mengikuti UAS.
9. Penetapan nilai hasil belajar didasarkan pada perolehan nilai ujian tengah semester (UTS), ujian akhir semester (UAS), tugas mandiri dari dosen, nilai praktik (apabila terintegrasi dengan kuliah), dan kehadiran mahasiswa. Bobot masing-masing komponen ditetapkan dosen sesuai dengan kontrak perkuliahan.
10. Satu tahun akademik terdiri atas semester ganjil dan semester genap: a) semester ganjil berlangsung dari Agustus sampai dengan Desember; b) semester genap berlangsung dari Februari sampai dengan Juni.
11. Pelaksanaan Perkuliahan
    Perkuliahan dalam bentuk tatap muka dan dalam jaringan (daring) dilaksanakan selama 3 (tiga) semester.
12. Matrikulasi bagi mahasiswa Program Magister kependidikan dengan latar belakang nonkependidikan dilaksanakan sebelum pelaksanaan perkuliahan semester satu dimulai. Matrikulasi bagi mahasiswa Program Magister yang tidak linier dengan disiplin ilmu sebelumnya dilaksanakan sejalan dengan pelaksanaan perkuliahan semester satu.

Penulisan tesis dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:

1. Pengajuan Proposal Mini
   Pada semester kedua, mahasiswa mengajukan proposal mini untuk menentukan topik tesis kepada Koordinator Program Studi disertai dengan pengajuan 3 (tiga) nama calon pembimbing pertama.
2. Verifikasi Topik
   Koordinator Program Studi melakukan verifikasi topik dari proposal mini yang diajukan mahasiswa untuk memastikan tidak terjadi duplikasi dan adanya kebaruan dalam tesis. Apabila topik tesis secara subtansial terjadi perubahan, topik tersebut harus diverifikasi kembali dan disetujui oleh Koordinator Program Studi.
3. Penetapan Pembimbing
   Direktur Pascasarjana menetapkan pembimbing pertama dan pembimbing kedua berdasarkan usulan Koordinator Program Studi dengan memperhatikan kesesuaian keahlian dengan topik penelitian tesis dan pemerataan distribusi tugas.
4. Ujian Komprehensif
   Ujian komprehensif bertujuan untuk menilai kemampuan mahasiswa dalam penguasaan materi perkuliahan sesuai kurikulum program studi pada mata kuliah utama program studi yang dilakukan melalui ujian tertulis. Ujian komprehensif dilaksanakan paling lambat pada semester tiga dan telah lulus mata kuliah umum serta mata kuliah utama program studi. Ujian komprehensif adalah nonkredit dan diberi predikat lulus atau tidak lulus. 
5. Seminar Proposal
   Seminar proposal dapat dilakukan setelah mahasiswa menempuh semua mata kuliah umum dan mata kuliah utama program studi serta lulus ujian komprehensif. Proposal harus mencerminkan hasil telaah literatur minimal 30 artikel jurnal nasional, jurnal internasional, atau artikel prosiding seminar nasional/internasional yang relevan. Pengajuan seminar proposal ditujukan kepada Koordinator Program Studi dengan melampirkan proposal tesis yang telah disetujui oleh kedua pembimbing yang waktunya ditetapkan oleh Pascasarjana UNJ.
6. Diseminasi Hasil Penelitian
   Sebelum ujian tesis, mahasiswa wajib mendiseminasikan artikel yang berkaitan dengan tesisnya dalam seminar nasional/internasional sebagai pembicara. Artikel diterbitkan pada prosiding nasional/internasional. Selama penyusunan artikel, mahasiswa dibimbing oleh pembimbing pertama dan pembimbing kedua.
7. Publikasi Hasil Penelitian
   Ujian tesis dapat dilakukan setelah artikel mahasiswa diterima (accepted) atau diterbitkan (published) oleh jurnal nasional terakreditasi minimal Sinta 3 atau di jurnal internasional (di antaranya terindeks Copernicus, EBSCO). Selama penyusunan artikel, mahasiswa dibimbing oleh pembimbing pertama dan kedua.
8. Ujian Tesis
   Ujian tesis dilaksanakan paling cepat 3 (tiga) bulan sejak perbaikan proposal, telah disetujui dan ditandatangani oleh dewan penguji, dan mahasiswa telah melakukan bimbingan setelah ujian seminar proposal paling sedikit 5 (lima) kali kepada masing-masing pembimbing, baik kepada pembimbing pertama maupun pembimbing kedua. Jadwal ujian tesis ditetapkan oleh Pascasarjana UNJ berdasarkan usulan Koordinator Program Studi.

Pelaksanaan yudisium ditetapkan oleh Direktur Pascasarjana UNJ. Tanggal yudisium dijadikan dasar penetapan kelulusan Program Magister yang akan tercantum dalam ijazah.
Persyaratan pendaftaran yudisium sebagai berikut:

1. Menyerahkan tesis sebanyak 6 (enam) eksemplar yang telah disetujui oleh dosen pembimbing, Koordinator Program Studi, dan Direktur Pascasarjana.
2. Menyerahkan fotokopi sertifikat pencatatan kekayaan intelektual (HaKI) atau buku ber-ISBN atas luaran tesis (produk/model) dengan mencantumkan nama mahasiswa sebagai penulis tesis dengan afiliasi Pascasarjana UNJ dan kedua nama dosen pembimbing.
3. Menyerahkan flashdisk yang berisi tesis yang telah disetujui oleh kedua pembimbing dan Koordinator Program Studi serta artikel ilmiah yang telah diterima di jurnal nasional terakreditasi minimal Sinta 3 atau jurnal internasional.
4. Menyerahkan surat bebas perpustakaan Pascasarjana dan perpustakaan UNJ.

Pascasarjana menerbitkan Surat Keterangan Pendamping Ijazah (SKPI) atau diploma supplement mengacu pada Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 59 Tahun 2018 tentang Ijazah, Sertifikat Kompetensi, Sertifikat Profesi, Gelar, dan Tata Cara Penulisan Gelar di Perguruan Tinggi. SKPI memuat informasi tentang keaktifan lulusan pada bidang akademik, sikap sosial lulusan, dan kualifikasi lulusan sesuai dengan jenjang Kerangka Nasional Kualifikasi Indonesia (KKNI). SKPI diterbitkan setelah divalidasi dan setelah mahasiswa dinyatakan lulus dari suatu program studi di Pascasarjana Universitas Negeri Jakarta.

1. Mahasiswa aktif adalah mahasiswa yang terdaftar di Pascasarjana UNJ dengan memenuhi persyaratan akademik sebagai berikut: a) Membayar SPP dan DPP/UK pada semester berjalan. b) Memiliki kartu mahasiswa yang diterbitkan oleh UNJ. c) Mengisi mata kuliah pada Kartu Rencana Studi (KRS) melalui siakad yang diambil setiap semester dan telah disetujui oleh Pembimbing Akademik.
2. Masa Studi Program Magister sebgai berikut: a) Masa studi maksimal 8 (delapan) semester. b) Mahasiswa Program Magister yang tidak dapat menyelesaikan studi dalam 8 (delapan) semester dinyatakan habis masa studi.
3. Cuti. a) Hak cuti diberikan kepada mahasiswa yang telah menempuh satu semester. b) Mahasiswa memiliki kesempatan cuti maksimal 2 (dua) kali berturut-turut atau berselang, tidak dihitung sebagai masa studi, dan yang bersangkutan tidak mendapat pelayanan akademik.
4. Mangkir. a) Mahasiswa yang tidak melakukan daftar ulang satu semester dinyatakan nonaktif oleh sistem dan mahasiswa tersebut tidak mendapatkan pelayanan akademik. b) Mahasiswa yang berstatus nonaktif dapat mengaktifkan kembali statusnya dengan membayar tunggakan (satu semester), membayar SPP, serta DPP / UKT di semester berjalan. c) Mahasiswa yang tidak melakukan daftar ulang sebayak 3 (tiga) semester berturut-turut dinyatakan habis masa studi.

Mahasiswa diterima di program studi tertentu berdasarkan daya tampung yang tersedia. Kepindahan ke program studi lain hanya dimungkinkan apabila daya tampung program studi tersebut masih memungkinkan. Kepindahan dapat dilakukan dengan ketentuan sebagai berikut:

1. Diajukan oleh mahasiswa yang berstatus aktif pada suatu program studi dan mahasiswa tersebut telah menempuh masa studi paling sedikit 2 (dua) semester dan paling banyak 4 (empat) semester.
2. Memperoleh izin dari Koordinator Program Studi asal dan Direktur Pascasarjana UNJ.
3. Mahasiswa pindahan dari PTN atau PTS yang memiliki izin DIKTI dan terakreditasi BAN PT dapat diterima Pascasarjana UNJ dengan pengakuan terhadap mata kuliah yang relevan dengan program studi yang dituju setelah melalui verifikasi Koordinator Program Studi dan pengakuan tersebut ditetapkan oleh Direktur Pascasarjana UNJ.

Bahasa pengantar dalam perkuliahan dan penulisan tesis menggunakan bahasa Indonesia atau bahasa Inggris.

Lulusan Pascasarjana wajib mengikuti wisuda UNJ yang dilakukan pada semester ganjil atau semester genap.