Pemberian beasiswa untuk studi Program Doktor (S3) di dalam negeri yaitu selama 36 bulan (6 semester). Namun, pada pelaksanannya banyak yang tidak dapat menyelesaikan studi tepat waktu dengan berbagai kendala dan membutuhkan perpanjangan masa studi. Merujuk pada Permendiknas RI nomor 48 tahun 2009 tentang Pedoman Pemberian Tugas Belajar yang juga menjadi landasan pedoman pemberian beasiswa dalam negeri pada Bab XI pasal 19 disebutkan bahwa pegawai pelajar yang tidak dapat menyelesaikan tugas belajar dalam waktu yang telah ditentukan dapat diberikan perpanjangan masa tugas belajar (ayat 1). Dalam rangka mendukung penyelesaian studi mahasiswa Program Doktor (S3) khususnya bagi penerima Beasiswa Pendidikan Pascasarjana Dalam Negeri (BPPDN) maka diberikan Beasiswa Perpanjangan Studi Program Doktor (S3) maksimal 2 semester bagi yang memenuhi persyaratan dan berdasarkan evaluasi per semesternya.