Program Pascasarjana Universitas Negeri Jakarta (PPs UNJ) didirikan pada tahun 1978 merupakan Program Pascasarjana terstruktur pertama di lingkungan Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) di Indonesia. Pada tahun 1980 dikukuhkan sebagai Fakultas Pascasarjana IKIP Jakarta. Selanjutnya, berdasarkan Surat Keputusan Presiden Nomor 45 Tahun 1982 tentang Susunan Organisasi IKIP Jakarta, salah satu fakultas yang disahkan adalah Fakultas Pascasarjana. Program Studi S2 Manajemen Pendidikan resmi diselenggarakan pada tanggal 7 September 1982 dengan Nomor SK Pendirian Program Studi SK Presiden No. 45/1982, SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0311/O/1991 dan Nomor SK Izin Operasional SK Dirjen Dikti No. 590/DIKTI/Kep/1993, SK Dirjen Dikti No. 136/Dikti/Kep/2007, SK. Rektor UNJ No. 9554/D/T/K-N/2011 pendidikan yang diselenggarakan meliputi Program Magister (S2) dan Program Doktor (S3). Mulai tahun 1996 Program Studi Manajemen Pendidikan baik program S2 maupun S3 diselenggarakan di IKIP Jakarta berdasarkan Surat Keputusan Pendirian PS Nomor 590/DIKTI//Kep/1993, dengan perpanjangan SK Rektor Pascasarjana UNJ a.n Direktur Jendral Pendidikan Tinggi No. 7163/D/T/K- N/2011 tentang Perpanjangan Izin Program Studi karena dianggap layak diselenggarakan dengan didukung oleh sarana prasaraan belajar yang memadai.
Program doktor Manajemen Pendidikan UNJ merupakan salah satu daya manusia yang memadai tersebut diharapkan dapat memberikan layanan pembelajaran yang sesuai standar kepada mahasiswa, termasuk membimbing dan menguji mahasiswa dalam penyusunan disertasi. Dengan standar layanan yang memadai, mutu lulusan program doktor Manajemen Pendidikan dapat memiliki wawasan yang baik dan jaringan kerja yang luas, sehingga dapat memberikan sumbangan terhadap kemajuan manajemen pendidkan di tanah air yang pada gilirannya dapat meningkatkan kualitas Pendidikan secara keseluruhan.
Mahasiswa program doktor Manajemen Pendidikan didominasi oleh mahasiswa yang sudah bekerja, dengan berbagai profesi antara lain Dosen PTN, PTS, Staf Kandepdiknas, guru SMP/SMA Negeri/Swasta dan SMK, PPPG Kejuruan, Staf Kandepag dan lain-lain. Selama 3 tahun terakhir jumlah mahasiswa Program Doktor Manajemen berjumlah 225 mahasiswa, dengan sebaran dosen PTS/PTS, Dinas Manajemen Pendidikan, guru dari berbagai sekolah jabodetabek.
Dosen Program Studi Manajemen Pendidikan
| NO | NAMA | STATUS |
| 1 |  Prof. Dr. Bedjo Sujanto, M.Pd |
Dosen Tetap |
| 2 | Prof. Dr. Mukhneri Mukhtar, M.Pd. | Dosen Tetap |
| 3 |  Prof. Dr. R. Madhakomala, M.Pd. |
Dosen Tetap |
| 4 |  Prof. Dr. Rugaiyah, M. Pd. |
DPK |
| 5 |  Prof. Dr. Unifah Rosyidi, M.Pd |
Dosen Tetap |
| 6 |  Prof. Dr. Elianasari, M. Pd |
Dosen Tetap |
| 7 |  Prof.Dr. Netti Karnati, M.Pd. |
Dosen Tidak Tetap |
| 8 |  Dr. Nurhattati, M.Pd |
Dosen Tidak Tetap |
| 0 | Dr. Suryadi, M.Pd. | Dosen Tidak Tetap |
- Mampu mengembangkan pengetahuan dan teknologi baru serta praktek profesional melalui riset hingga menghasilkan karya kreatif, original, dan teruji dalam bidang manajemen pendidikan;
- Mampu memecahkan permasalahan dalam bidang manajemen pendidikan melalui pendekatan inter, multi atau transdisipliner sesuai dengan kebutuhan stakeholder
- Mampu mengelola, memimpin, dan mengembangkan riset bidang manajemen pendidikan yang bermanfaat bagi ilmu pengetahuan dan kemaslahatan umat manusia, yang diakui secara nasional maupun internasional.
- Mampu mengembangkan pengetahuan baru tentang teori Manajemen Pendidikan, literasi terkait menejemen pendidikan manfaat teknologi dan atau seni baru tentang informasi dalam bidang ilmu manajemen pendidikan, untuk menghasilkan solusi bagi peningkatan mutu kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara melalui pendekatan interdisipliner atau multidisipliner dan transdisipliner;
- Mampu mengembangkan keilmuan manajemen pendidikan atau praktik profesionalnya melalui riset hingga menghasilkan karya kreatif, original, dan teruji;
- Mampu memecahkan masalah sains, teknologi dan atau seni terkait pada bidang manajemen pendidikan berdasarkan teori pendidikan dan teori manajemen dan teori manajemen pendidikan terkait manajemen mikro, meso dan makkri yang mengacu pada Good Corporate Governance melalui metode ilmiah dengan pendekatan interdisipliner atau multidisipliner dan transdisipliner yang menginternalisasikan nilai, norma, dan etika akademik;
- Mampu mengembangkan teori baru yang inovatif dengan mengaplikasikan konsep dan prinsip manajemen pendidikan dengan memanfaatkan IPTEKS berorientasi tercapainya tujuan dari manajemen pendidikan adalah kualitas SDM dan Kualitas pendidikan;
- Mampu mengelola, memimpin dan mengembangkan riset dan pengembangan yang bermanfaat bagi ilmu pengetahuan Manajemen Pendidikan dan kemaslahatan umat manusia, serta mampu mendapat pengakuan nasional maupuan internasional.
Mata Kuliah Umum
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99009113 | Filsafat Ilmu Lanjutan | 3 sks |
| 99009123 | Metodologi Penelitian Lanjutan | 3 sks |
| 99009133 | Statistika Lanjutan | 3 sks |
| 99009143 | Penulisan Artikel Ilmiah Terindeks | 3 sks |
Mata Kuliah Keahlian
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99119113 | Berpikir Sistem dalam Manajemen Pendidikan | 3 sks |
| 99119123 | Kebijakan dan Perencanaan Strategis Pendidikan | 3 sks |
| 99119133 | Kepemimpinan dan Perilaku Organisasi Pendidikan | 3 sks |
| 99119143 | Manajemen Pengendalian Mutu Pendidikan | 3 sks |
| 99119153 | Manajemen Satuan Pendidikan | 3 sks |
| 99119163 | Orientasi Baru dalam Pedagogi | 3 sks |
| 99119173 | Kolokium Manajemen Pendidikan | 3 sks |
Mata Kuliah Pilihan
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99119413 | Manajemen Sumber Daya Pendidikan | 3 sks |
| 99119423 | Manajemen Pengembangan Kurikulum | 3 sks |
| 99119433 | Ekonomi Pendidikan | 3 sks |
| Pilihan 1 (satu) mata kuliah pilihan dari Mata Kuliah Pilihan yang tersedia | ||
Mata Kuliah Matrikulasi
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99119013 | Landasan lmu Pendidikan* | 3 sks |
Catatan : * dilaksanakan sebelum perkuliahan semester 1
Disertasi
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99009917 | Disertasi | 15 sks |
Berdasarkan SK BAN-PT dengan No. 00664/Ak-IV/S2-017/IKJMMP/II/2006 , Program Studi S2 Manajemen Pendidikan terakreditasi A.
Mata Kuliah Umum
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99009113 | Filsafat Ilmu Lanjutan | 3 sks |
| 99009123 | Metodologi Penelitian Lanjutan | 3 sks |
| 99009133 | Statistika Lanjutan | 3 sks |
| 99009143 | Penulisan Artikel Ilmiah Terindeks | 3 sks |
Mata Kuliah Keahlian
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99119113 | Berpikir Sistem dalam Manajemen Pendidikan | 3 sks |
| 99119123 | Kebijakan dan Perencanaan Strategis Pendidikan | 3 sks |
| 99119133 | Kepemimpinan dan Perilaku Organisasi Pendidikan | 3 sks |
| 99119143 | Manajemen Pengendalian Mutu Pendidikan | 3 sks |
| 99119153 | Manajemen Satuan Pendidikan | 3 sks |
| 99119163 | Orientasi Baru dalam Pedagogi | 3 sks |
| 99119173 | Kolokium Manajemen Pendidikan | 3 sks |
Mata Kuliah Pilihan
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99119413 | Manajemen Sumber Daya Pendidikan | 3 sks |
| 99119423 | Manajemen Pengembangan Kurikulum | 3 sks |
| 99119433 | Ekonomi Pendidikan | 3 sks |
| Pilihan 1 (satu) mata kuliah pilihan dari Mata Kuliah Pilihan yang tersedia | ||
Mata Kuliah Matrikulasi
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99119013 | Landasan lmu Pendidikan* | 3 sks |
Catatan : * dilaksanakan sebelum perkuliahan semester 1
Disertasi
| KODE | MATA KULIAH | SKS |
| 99009917 | Disertasi | 15 sks |
| No. | Nama Mahasiswa | Jenis Prestasi | Kegiatan, Waktu, dan Tempat | Tingkat (Lokal, Wilayah, Nasional, atau Internasional) |
| (1) | (2) | (3) | (4) | (5) |
| 1 | Inda Fitriyani Effendi, S. Pd | Narasumber Seminar Nasional | Pelatihan berbahasa Inggris Bagi Guru SD, SMP, SMA tahun 2011 bertempat di gedung PPGTK DKI Jakarta | Nasional |